Уникалното местоположение на Япония и комплексът от природни и климатични фактори доведоха до липсата на плодородна земя на островите. Страната няма сухопътна комуникация с континенталната част. Поради продължителната изолация някои животни в Япония са толкова модифицирани, че са класифицирани като подвидове.
Растения на Японските острови
Около 60% от Япония е залесена. На островите има около 2750 вида растения, от които 168 са дървесни. Въпреки компактните размери на територията, климатът на страната е разнороден. В рамките на островите се забелязват растителни видове, характерни за тропиците, субтропиците и умерените ширини.
Растенията и животните на Япония дълго време се развиват изолирано от континенталната част. Това доведе до някои различия в еволюцията на видовете.
Тропическа и субтропична растителност
Тропическите гори са характерни за островите Рюкю. От дървесните форми се срещат следните: палми, цикади, фикуси и др. В планинските райони се срещат бор и ела. На островите има много лози и епифити, сред които преобладават папрати. О. Яку е известен с това, че е запазил дървета на възраст около 2 хиляди години. Те имат дължина до 50 м и диаметър на багажника до 5 м.
Морско крайбрежие около. Кюшу също заема тропическа растителност. На този остров до височина до 1 км могат да се открият гори от субтропични дървета. Същите представители на флората са типични за Шикоку и Хоншу (южна част). Доминиращите видове са вечнозелените дъбове, кипарисите, боровете, арборвитите и други ендемични видове. В подраста може да се разграничат магнолии и азалии. В древни времена южната част на японските острови е била заета от лаврови гори, където основно растат камфорен лавр, чаен храст и японска камелия. Днес тези горски общности са само на около. Хоншу. Видовият състав в тях донякъде се е променил. В субтропната зона на места може да се намерят гори от бамбук и гинко.
Широколистни гори
Северна част от ок. Хоншу и южната половина на о. Хокайдо е заета от тези гори. В тях преобладават дъбове, буки, кестени, клени, липа, ясен, габър и други дървесни растения. Склоновете на планините са зона от широколистни и иглолистни гори. Последните са представени от криптомерия, цуга, тис и т.н.
На около. Хокайдо на надморска височина от 0, 5 км, тази растителна общност е заменена от ела-смърч с примес на бамбук. Част от планинските върхове се намира извън горската зона. Те са заети от специални растителни общности, които включват кедър елфин, рододендрон, хедър и др.
Антропогенното въздействие върху флората и фауната на Япония е доста голямо, поради ограничената територия и гъсто населените райони. Обикновените гори са намалени и на тяхно място са създадени земеделски земи.
