Историческият период на Египет започва в началото на третото и четвъртото хилядолетия преди раждането на Христос. Древната културна традиция, подложена на влиянието на нашествениците и вътрешните смущения, продължила до приемането на християнството през четвърти век на нова ера. За почти три и половина хиляди години списъкът и функциите на египетските богове претърпяха значителни промени. Египетските богове придобили черти и имена, характерни за съседите - асирийци, хети, хиксоси, елини.
След обединяването на Египет под властта на един-единствен владетел, много богове от определени региони и племена на страната влязоха в общия пантеон, но повечето от тях бяха почитани само в средата, където бяха произхода на техния култ. Някои богове постепенно придобиват общоегипетско значение. Без съмнение, богинята с глава на котка Бастет израсна от култа към почитащите котки като пазители на запасите от зърнени култури от мишки. Селското стопанство изигра огромна роля в Египет, за разлика от Елада, която нарасна главно поради търговията и военните завоевания. Антропоморфните египетски богове често надаряват главата на животното, въз основа на почитането на който възниква определен култ. Например, бог Тот имал глава на ибис, богинята Сохмет (Сехмет) - главата на лъв, Анубис - глава на куче.
С нарастването на определени райони на страната, променянето на династиите или преместването на столицата на ново място, египетските богове от „първия ешелон“ също се промениха. Интересна особеност на древноегипетската религия беше наличието на голям брой космогонични митове (тоест версии за произхода на света) и във всяко населено място основната роля в тази трудна материя беше отредена на местното божество.
Египетските богове в толкова голям брой, превръщайки се в основата на местния сепаратизъм, без съмнение, нямаха нужда от една-единствена държава. Освен това многобройните култове изисквали разход на голямо количество материални ресурси, които биха могли да бъдат изразходвани с много по-голяма полза за вътрешното устройство на страната, за поддържането на армията и т.н. И имайки голямо богатство и влияние, свещеническите кланове пряко заплашваха единствената сила на фараона.
Като се имат предвид всички обстоятелства, фараон Аменхотеп IV, след като прие името Ехнатон, въвежда култа към вторичното регионално божество Атон (обожествен слънчев диск) като общоегипетска религия. Но инерцията на традицията беше твърде силна и Ехнатон умира преди да навърши четиридесетгодишна възраст. Според най-убедителната версия той е бил отровен. Вярно, семействата не се докоснаха до преследването, а съпругата му (известната Нефертити) остана жива много години след смъртта на съпруга си.
След персийското, а по-късно и елинското завладяване на страната, египетските богове и богини постепенно започват да губят предишното си влияние, намаляват. Те се сливат с боговете на нашествениците. Например Александър Македонски е бил почитан в Египет като син на Зевс-Амон, синкретично египетско-елинистично божество.
Когато египетските богове, чиито имена са от местен и смесен произход, започнаха да отстъпват на нова религия - християнството, постепенно започва и забравата на древноегипетската писменост. По време на управлението на император Константин умира последният носител на египетската религиозна традиция, след което в продължение на много векове имената на древните египетски богове са били известни само от произведенията на гръцки и римски историци. Но и двамата се запознаха с египетската култура във време, когато тя вече западаше и е малко вероятно свещениците да ръкополагат непознати (често агресивни) в тайните на тяхната религия.
Опитите за дешифриране на древни йероглифи са правени многократно както от арабски учени, така и от европейци, но безуспешно. И едва в началото на деветнадесети век блестящият лингвист Франсоа Шамполион успя да намери ключа за дешифрирането на египетските текстове. От този момент започва модерната ера за изучаване на историята и културата на Древен Египет.
